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在肛腸疾病中，肛瘺手術后的復發(fā)率是比較高的，這主要是指高位復雜性肛瘺。

肛瘺手術后有一定的復發(fā)率。主要表現為：有的患者肛瘺手術后創(chuàng)面長期不能愈合，仍有少量的膿性分泌物、脹痛不適等感覺;或者傷口愈合后，不久又見復發(fā)。一般低位肛瘺的術后復發(fā)率很低，高位復雜性肛瘺的術后復發(fā)率較高。

肛瘺復發(fā)的主要原因

內口處理不有效

多因沒找準內口，或有多個內口卻只處理了其中一個，因而未能有效清除內口。

殘留了一部分瘺管的支管

僅切除了主要管道而殘留了一部分瘺管的支管，或有死腔殘留：目前復雜性肛瘺的診斷非常困難，很多支管即使使用磁共振成像等檢查也很難術前發(fā)現，即使在手術中直視下，遺漏支管的概率也較高，很多時候純粹憑借醫(yī)生經驗才能發(fā)現一些支管，而術中只要有少量支管遺留，就可能復發(fā)。

創(chuàng)面假性愈合

創(chuàng)面引流不暢或術后換藥失當，導致創(chuàng)面假性愈合。

盲目進行傷口縫合或者使用微創(chuàng)技術

目前微創(chuàng)技術在臨床的復發(fā)率很高，需要由有經驗的醫(yī)生選擇合適的適應證進行治療。

原發(fā)疾病未治療

亦有少數患者是一些結核性肛瘺或者炎性腸病(克羅恩病、潰瘍性結腸炎)導致的肛瘺，因術后沒有采取相應的內科治療，所以長期不能愈合。目前很多年輕肛瘺患者伴發(fā)有不典型的炎性腸病或者一些不明病因，術后創(chuàng)面反復不愈。

臨床上也有患者術后在其他部位產生了新的瘺管而被誤認為是復發(fā)的情況，其實這是又形成了新的肛瘺，需要與肛瘺復發(fā)相區(qū)別。在肛部的一個位置手術創(chuàng)面愈合后很少會復發(fā)，但肛部的其他位置，有可能會形成新的肛瘺。