廈門(mén)市第二醫(yī)院的前身是1898年創(chuàng)立于鼓浪嶼的教會(huì)“救世醫(yī)院”。1998年7月，廈門(mén)市第二醫(yī)院與海滄醫(yī)院合并。2003年11月，與集美醫(yī)院合并，并將總部由鼓浪嶼遷至集美，成為廈門(mén)市島外較大的綜合性醫(yī)院，目前醫(yī)院擁有集美和海滄兩個(gè)院區(qū)。2004年加掛“嘉庚醫(yī)院”的牌子，提高了與海外的交流力度。實(shí)際通達(dá)床位502張，二期將再通達(dá)400張以位，2007年初床位達(dá)900余張。

廈門(mén)市第二醫(yī)院現(xiàn)有職工918人，其中專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員754人，專(zhuān)業(yè)職稱(chēng)89人，中級(jí)職稱(chēng)160人，碩士以上30人，博士7人。醫(yī)院年門(mén)診量55萬(wàn)人次，年出院病人1.7余萬(wàn)人次，年手術(shù)量6000余臺(tái)。

廈門(mén)市第二醫(yī)院開(kāi)設(shè)17個(gè)臨床科室和7個(gè)醫(yī)技科室，部分專(zhuān)科已達(dá)到“正規(guī)甲等”醫(yī)院核心專(zhuān)科水平：市呼吸疾病診治中心（肺科）、血液凈化（腎內(nèi)科）、腔鏡診療科、心腦血管病診療科、婦產(chǎn)科、泌尿外科、骨科、兒科、消化內(nèi)科等飲譽(yù)廈門(mén)乃至省內(nèi)外，其中，市呼吸疾病診治中心（肺科）為我市核心學(xué)科，職業(yè)病防治、中毒救治專(zhuān)科以及婦科腔鏡專(zhuān)科為我市規(guī)劃核心專(zhuān)科。

廈門(mén)市第二醫(yī)院在閩南地區(qū)率先開(kāi)展電視腹腔鏡行膽囊切除的微創(chuàng)手術(shù)以來(lái)，累計(jì)開(kāi)展各類(lèi)微創(chuàng)診療項(xiàng)目百余項(xiàng)，成功地完成各類(lèi)高難度的微創(chuàng)治療手術(shù)10000多例，手術(shù)例數(shù)、技術(shù)難度均為全省前列，其中相當(dāng)多數(shù)項(xiàng)目的技術(shù)水平已經(jīng)達(dá)到國(guó)內(nèi)先進(jìn)，部分項(xiàng)目填補(bǔ)了省內(nèi)、市內(nèi)空白。自1997年以來(lái)，先后有三項(xiàng)科研課題分別獲得省市科技進(jìn)步二、三等獎(jiǎng)。近幾年來(lái)，我院腔鏡系列手術(shù)在普外、胸外、泌尿外、婦科等方面取得快速發(fā)展，已形成多學(xué)科微創(chuàng)診療體系。隨著ICU、神經(jīng)外科的成立，創(chuàng)傷救治已成為醫(yī)院的核心品牌之一。

廈門(mén)市第二醫(yī)院擁有首臺(tái)氣道超聲設(shè)備和氣道冷激發(fā)試驗(yàn)設(shè)備、廈門(mén)首臺(tái)雙屏幕纖維支氣管鏡設(shè)備、日本超細(xì)（直徑0.5厘米）電子鼻胃鏡、閩南首臺(tái)小巨人體外震波碎石機(jī)、激光（雙頻雙脈沖）碎石機(jī)，擁有腔鏡外科全套設(shè)備及氣壓彈道碎石系列設(shè)備，西門(mén)子800毫安、島津800毫安X線(xiàn)機(jī)，貝克曼全自動(dòng)大型生化分析儀，瑞典金寶系列血液透析機(jī)，原裝進(jìn)口彩超，數(shù)字胃腸X光機(jī)，等離子前列腺汽化電切儀，電子顯微鏡，柯達(dá)DR，先進(jìn)的四排及雙排全身螺旋CT等醫(yī)療設(shè)備。