黔東南州民族醫(yī)藥研究所成立于1984年，至今主要從事苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥的發(fā)掘、整理、總結、提高工作，編撰出版了《苗族藥物集》《苗族醫(yī)學》《侗族藥物圖鑒》《侗族藥物方劑學》等書籍，研發(fā)了瑤族藥物1個，建立了黔東南州苗族藥物侗族藥物標本館。 2009年后，黔東南州苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥的發(fā)展進入了提高臨床水平和科學水平的階段。在州、州的重視下， 2010年黔東南州民族醫(yī)藥研究所建立了一所專業(yè)、公益的“苗醫(yī)醫(yī)院”，被中醫(yī)藥管理局列為“十二五”時期核心民族醫(yī)醫(yī)院建設單位，2013年經考核，評定為二級甲等民族醫(yī)醫(yī)院。該醫(yī)院占地面積1600平方米，醫(yī)療用房約6000平方米；全院現有職工157人，其中衛(wèi)技人員135人（正高1人，副高 14人，中級24人，初級96人），民族民間醫(yī)師6名；醫(yī)院設有針灸科、骨傷科、風濕病科、治未病?康復科、肺病科、急診科、內科門診、骨傷科門診、咳嗽病專病門診、蜂療科、婦科門診、民醫(yī)堂、藥劑科、化驗室、B超室、放射室等臨床科室及科研實驗室，有飛利浦彩超、西門子全生化分析儀、CR影像機及中醫(yī)診療設備等醫(yī)療設備。醫(yī)院堅持以苗醫(yī)藥特色立院、科研興院、人才強院的戰(zhàn)略方針，注重保護和傳承苗醫(yī)藥、侗醫(yī)藥非物質文化遺產，注重苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥與中醫(yī)學、現代醫(yī)學的結合，充分發(fā)揮苗醫(yī)藥、侗醫(yī)藥使用來自于當地自然環(huán)境中的天然藥物，在治療與當地自然環(huán)境以及生產、生活方式相關的疾病獨特，靠譜性較高的優(yōu)勢以及在預防保健中的優(yōu)勢，受到病員及社會的好評。 黔東南州民族醫(yī)藥研究院承擔了、貴州省科技教育人才省長專項資金、貴州省科技廳、貴州省衛(wèi)生廳科研課題，獲得過貴州省人民、貴州省醫(yī)學會、黔東南州人民科技進步獎10余項，發(fā)表學術論文50余篇。